L’existence d’une église à Vaires au XIII ème siècle est mentionnée dans un cartulaire (registres contenant les titres de propriété ou les privilèges temporels d’un édifice religieux) réédité par M. Guérard en 1850. On y trouve la liste des fiefs dépendant de l’évêque de Paris, ainsi qu’un certain nombre de pouillés (documents désignant les bénéfices ecclésiastiques dans un domaine géographique). On y apprend que, comme l’église de Pomponne et celle de Brou, l’église de Vaires (Veres) dépend de l’abbaye de Ruricourt (Rara Curia) et qu’elle est située dans le doyenné de Chelles.
Il est notamment écrit qu’il y a un chanoine à Vaires.(«apud Veres canonicus»)
Selon l’encyclopédie Gallia Christiana, l’abbaye de Ruricourt est le premier nom de l’abbaye de Saint-Martin-aux-Bois. Elle est fondée à la fin du XI ème siècle par des chanoines réguliers de Saint-Augustin. Enrichie d'importantes donations, elle est propriétaire de grandes terres dans les diocèses de Beauvais, de Senlis et de Meaux. L’église abbatiale qui subsiste encore aujourd’hui, est construite entre 1260 et 1270.

Les premiers liens connus entre Saint-Martin-aux-Bois et Pomponne remontent au 13ème siècle. Une inscription en caractères gothiques dans les verrières de Saint-Martin-aux-Bois révèle le nom d'un donateur : Jean de Rouvillers. C'est un prieur de Pomponne, certainement parent de l'abbé Hugues de Rouvillers, qui est à la tête de Saint-Martin-aux-Bois entre 1260 et 1276.
Le 22 avril 1390, le frère Gilles Godard est nommé prêtre au prieuré-cure de Vaires en remplacement de son prédécesseur Gilles de Bleciny. Il est fait mention de « Sainte-Agathe de Vaires et son annexe de Brou ».

On y lit également que ce bénéfice est :