Des écrits de 1494 et 1498 confirment que le prieuré-cure Sainte-Agathe de Vaires et Brou son annexe, dépendent de Monsieur l’Abbé de Saint-Martin-aux-Bois, du diocèse de Beauvais, qui est reconnu supérieur des bénéfices de Pomponne et de Vaires par le prieur de Pomponne. Les documents sont plus nombreux à partir du XVIème siècle:
En mars 1504, le frère Adrien Trudelle, prêtre religieux au monastère de Saint-Martin-aux-Bois, ordre deSaint-Augustin, est nommé au prieuré-cure de Sainte-Agathe de Vaires et Brou son annexe. Par une lettre scellée du sceau de cire rouge de sa chancellerie, « Etienne par la grâce de Dieu, Évêque de Paris », lui confie et remet le prieuré-cure de Vaires et Brou, du diocèse de Paris, dont le droit, le patronage et la présentation relèvent de l’abbé de Saint-Martin-aux-Bois, diocèse de Beauvais, à cause de son monastère.
On apprend que ce prieuré-cure est libre à présent et vacant par la mort du défunt frère Jean d’Escuillé,son dernier possesseur.En 1525, une sentence par défaut est donnée au profit des religieuses de de Chelles contre le prieur-curé de Vaires, le frère Jacques Hemery, au sujet de la dîme de certaines pièces de terre de Brou. En 1531, le nom de Gilles Vallée apparaît comme curé-prieur de Vaires et brou, diocèse de Paris. Un traité, accord et promesse est alors signé avec Pierre de la Vernade, seigneur de Brou, au nom de Jehan de la Vernade, curé de Brou, son fils, pour pour le démembrement de la cure de Brou du prieuré de Vaires. En 1544, Henry Le Maire, conseiller et confesseur du roi, succède à François Bernard comme prieur-curé de Vaires et Brou.
Au fil de différentes archives, on retrouve les noms de ses successeurs : Jehan Barbier en 1553, André Le Picart en 1561 (pour le prieuré-cure de Sainte-Agathe et « ses annexes de Veres, Brou et laVilleneuve aux Ânes »), puis Jehan Davelu en 1576. C’est en 1573, que Charles de Prevost, secrétaire du roi, seigneur de Brou, fera détacher de Vaires les hameaux de Brou et Villeneuve-aux-Ânes pour créer une cure distincte. A compter de la nomination de Jehan Piednu en 1587, le prieuré-cure ne concerne plus que Vaires. Ses titulaires sont successivement David Gaultier, Estienne Pelart, Claude Fava, Paul Bertrand, PierreDagneaux, Jean Le Doux, Claude Laurent Fourier, Louis Jullien, François de Limoges, Laurent Dumesnil, jusqu’à Nicolas Delivry, qui en 1751, nous laisse le dessin ci-contre de l’église Sainte-Agathe, conservé aux archives départementales de Seine-et-Marne.En 1730 est établi un état des bénéfices, dont la nomination et présentation appartiennent désormais au collège Louis le Grand, de la Compagnie de Jésus. Les noms et revenus des bénéfices rattachés à l’abbaye de Saint-Martin-aux-Bois y sont listés : le prieuré-cure de sainte-Agathe de Vaires (Veyres) y figure comme bénéfice régulier lié, comme Saint-Pierre de Pomponne, au diocèse de Paris. Selon l’historien Louis Michelin, il y avait à l’époque 10 ou 12 feux et 170 habitants à Vaires.Une description très intéressante nous est donnée par l’abbé historien Jean Lebeuf, que la rédaction de son ouvrage sur « l’histoire de la ville et de tout le diocèse deParis » conduit à Vaires en 1739. Il décrit l’église Sainte-Agathe comme « un très petit bâtiment moderne, auquel on a fait à différentes fois des agrandissements sur le devant. On n’y voit rien qui ne ressente une grande simplicité. On n’a pas pu même y jeter les fondements d’une tour pour les cloches, sans doute à cause de la mobilité du terrain. On conserve dans cette Église, en une petite chasse de bois doré toute neuve, un os du bras de quelque Saint, mais je n’ajouterai point que ce soit de Sainte-Agathe, la célèbre martyre. »Nicolas Delivry est prieur-curé de Vaires jusqu’en 1758, suivi de Jean-Baptiste Savoye et de Christophe Le Néa, au moment de la Révolution française.