

Extrait du cahier de doléances de la paroisse de Vaires, 1789
Quelques années avant la Révolution française, l’Église Sainte Agathe sera pourvue d’un petit clocher. En 1789, un cahier de doléances est rédigé par la paroisse de Vaires en accompagnement des élections aux Etats Généraux. On peut y lire que la Paroisse est composée de 16 particuliers et 2 fermiers, ainsi que de M. De Gennes. Christophe Le Nea est Curé de Vaires à la Révolution. Il prête serment de fidélité à la Nation en février 1791 et reste à Vaires jusqu’en 1794 où cesse l’exercice du culte. La paroisse est alors rattachée à Chelles, puis en 1807 à Brou.
Le presbytère, ses dépendances et le jardin, provenant de la Cure de Vaires, deviennent des biens nationaux. Ils sont d’abord loués pendant un an au cultivateur de Vaires André Delamarre, puis, en
exécution de la loi du 28 Ventôse an 4, vendus le 24 prairial (12 juin 1796) de la même année au citoyen Mathieu Joseph Talochon pour la somme de 3 600F, à la charge de laisser le fermier locataire des lieux pour le temps de son bail.
Il est ensuite racheté par un marchand de vins, Jean-François Ténard, qui y exerce son négoce et n’apprécie guère l’état délabré de l’église avec laquelle il a un mur mitoyen. Il demande même qu’on la démolisse, mais se pose alors la question du devenir de la cloche qui sert encore en cas d’incendie, et du cimetière qui s’étend devant l’église. Il finit par acheter le choeur en 1828, construction et couverture, à charge pour lui de faire faire à ses frais, sous l’arceau qui sépare le chœur de la nef, un mur pignon puis de construire un mur.
Revient alors la lutte d’influence entre Chelles, Vaires et Brou. Dans une lettre du 20 janvier 1822, Mgr Jean-Joseph Marie Victoire de Cosnac, Évêque de Meaux (1819-1830), écrit au comte Anatole de Juigné, maire de la commune de Brou, que vu la petitesse des communes de Vaires et de Brou, elles ne peuvent être réunies que sous le titre de chapelles.
Entre temps, le Concordat de 1801 signé entre Pape Pie VII et Napoléon Bonaparte visant à réconcilier l’Église et l’État français, a permis aux catholiques de retrouver leur place dans l’espace national. Le 5 septembre 1840, l’église Sainte Agathe réparée aux frais de la commune est rendue au culte après plus de 50 ans. Elle est bénie par Louis Marie Hubout, curé de Chelles.
Un autre évènement va rapidement modifier le destin de Sainte-Agathe : Anne Marie Ledoux, veuve de l’ancien maire Louis-Thomas Ledous décédé en 1834 et propriétaire du Château de Vaires, rédige la même année un testament olographe. Elle lègue à sa mort à l’Église de Vaires une rente annuelle et perpétuelle de 300 francs. Celle-ci ne pourra toutefois avoir d’autre destination que l’entretien du culte dans cette église ou l’éducation des enfants de Vaires.
En 1843, l’Evêque de Meaux réunit sous le rapport du culte le hameau du petit Vaires, formant près des trois quarts de la population de la commune, à l’église de Brou. Dans le même temps, la fabrique (assemblée de clercs et de laïcs chargés d'administrer les biens d'une église) de Chelles oeuvre pour conserver la paroisse de Vaires dans sa dépendance. Anne Marie Ledoux décède en 1846. Selon son fils Eugène Ledoux, la rente ne peut être utilisée que pour payer l’ecclésiastique.
Par un décret du Ministère de l’instruction publique et des cultes du 14 juillet 1851 signé Louis Napoléon Bonaparte, l’église Sainte Agathe est érigée en chapelle. En 1858, une nouvelle cloche de 250 kg nommée Marie Georges, fondue aux frais de la commune, est installée dans le clocher, portant l’inscription suivante :
J’AI ÉTE NOMMÉE MARIE-GEORGES PAR
THÉODORE HENRI GEORGES LAINÉ MON
PARRAIN ET MARIE-CÉLINE LEDOUX MA
MARRAINE MR LOUIS JEAN BAPTISTE
FASSIER CURÉ DE VAIRES MR LAVALLARD ADJOINT
GALLOIS ET DUBUISSON FONDEURS BREVETÉS SGDG A PARIS 1858
Le cimetière sera nivelé en 1896 et les ossements transférés dans le nouveau cimetière.

L'église Sainte-Agathe avec son ancien clocher à bulbe, avant 1907
En 1905, année de la loi de séparation des Églises et de l’Etat, un inventaire des meubles et objets affectés au culte est établi le 14 mai, estimé à 1445,24 francs. La même année, en septembre, un bloc de pierre se détache d’un angle et tombe dans la
cour de l’auberge voisine. La réparation est faite en 1906, avec un nouveau clocher. Une souscription est lancée pour poser une horloge publique sur ce clocher, ce qui sera fait en 1907.

L'église, avec son nouveau clocher
La petite église ne compte cependant que 50 places assises, ce qui la rendra trop petite à l’arrivée du lotissement Bernheim à partir de 1908.
La construction de la nouvelle église Sainte-Jeanne-d’Arc en 1924 entraînera son abandon. Par un décret en date du 20 décembre 1933, signé Albert Lebrun, l’ancienne église communale de Vaires-sur-Marne cesse d’être affectée au culte. Sans entretien, l’édifice se dégrade progressivement. Il est détruit en 1935 par l’entreprise Tissot, dans une indifférence que Jean Sterlin qualifiera de regrettable selon Jean Sterlin. Une pétition des habitants datée du 25 aout 1935 obtiendra la préservation de l’horloge, sans que l’on sache aujourd’hui ce qu’elle est devenue.